Pro laboratoře

V následujícím textu najdete odpovědi na nejčastěji kladené otázky z laboratoří, které mají zájem o zavedení samoodběru GARGTEST do svého portfolia vyšetřovacích postupů.

 

Můžu si odebraný vzorek inaktivovat?

Materiál odebraný kloktáním je potenciálně infekční a jako takový je určený pro zpracování přinejmenším v režimu lokální BSL3 ochrany. Nicméně vzorek je snadno inaktivovatelný teplem.  Pro inaktivaci viru SARS-CoV-2 odebraného pomocí odběrové soupravy GARGTEST inkubujte vzorek 20 minut při 65°C (např. v hybridizační peci).

Jak ověřit kompatibilitu mého RNA izolačního postupu a RT-PCR detekce patogena s materiálem odebraným kloktáním?

Nejdříve si připravte pozitivní kontrolní vzorek, na kterém budete proces ověřovat a optimalizovat:

  • Ze rutinně vyšetřovaných vzorků nasofaryngeálních stěrů vyšetřovaných Vaší laboratoří vyberte pozitivní vzorek s hodnotou Ct okolo 20 pro všechny geny detekované Vámi používanou SARS-CoV-2 RT-PCR detekční metodou.
  • Pozitivní vzorek nařeďte do negativního vzorku kloktání odebraného od zdravé osoby pomocí odběrové soupravy GARGTEST v poměru 1:4 (1 díl pozitivního vzorku ve virologickém transportním médiu + 4 díly negativního vzorku kloktání).
  • Paralelně otestujte celý proces izolace RNA s pozitivním vzorkem použitého nasofaryngeálního stěru, pozitivním kontrolním vzorkem kloktání a s negativním vzorkem kloktání.
  • Izolovanou RNA můžete vyhodnotit RT-PCR testem na detekci SARS-CoV-2, který v laboratoři běžně používáte. V pozitivním kontrolním vzorku kloktání můžete očekávat vzestup hodnoty Ct o 2-3 cykly ve srovnání s nenaředěným pozitivním nasofaryngeálním stěrem, ze které ho jste pozitivní vzorek připravili.

 

Můžu použít pro diagnostiku viru SARS-CoV-2 direct-RT-PCR přímo z GARGTESTu bez izolace RNA?

Ano, velkou výhodou kloktacích samoodběrů je nižší komplexita biologického materiálu a méně častá přítomnost substancí inhibujících RT-PCR. Příprava vzorků pro direct PCR je následující:

  1. Inaktivujte primární vzorek při 65°C 20 min. Tento krok lze vynechat, pokud pracujete v režimu BSL3 laboratoře.
  2. K 90 µl primárního vzorku přidejte 10 µl polyvinylsulfonové kyseliny (PVSA) o koncentraci 1,5 mg/ml (finální koncentrace PVSA ve vzorku je 150 mg/ml).
  3. Proveďte denaturaci vzorku při 95°C 5 min (např. v termocykléru).
  4. Inaktivovaný, denaturovaný vzorek můžete použít přímo pro RT-PCR reakci.

Před použitím vzorku pro direct-PCR si ověřte kompatibilitu takto připraveného vzorku s Vámi používanou PCR metodou např. paralelním testem kontrolního vzorku (příprava viz výše) a negativního vzorku kloktání.